Segons aquest criteri podem classificar els certificats electrònics fonamentalment en dos:

• Certificats de Persona Física. Són els que incorporen la identitat d'un subjecte físic o ciutadà. Està orientat a ciutadans (és a dir, a tercers físics) i estan fonamentalment pensats per a tràmits personals encara que, en determinades circumstàncies, poden ser usats en l'àmbit professional.
• Certificats de Persona Jurídica. Incorporen una identitat jurídica. El seu ús està pensat per a tota mena d'organitzacions, ja siguin empreses, administracions o un altre tipus d'organitzacions, totes elles amb una identitat de tipus jurídic.
• Certificats d'entitat sense personalitat jurídica. Vinculen al seu subscriptor unes dades de verificació de signatura i confirma la seva identitat per a ser utilitzats únicament en les comunicacions i transmissions de dades per mitjans electrònics, informàtics i telemàtics en l'àmbit tributari.

Segons aquest criteri trobem múltiples Certificats, que són alguns dels quals ofereixen els diferents proveïdors de serveis de certificació:

• Certificat de servidor
• Certificat de pertinença a empresa
• Certificat de representant
• Certificat d'apoderat
• Certificat de segell d'empresa
• Certificat de Factura Electrònica
• Certificat de Col·legiat
• Etc.

Segons aquest criteri, podem classificar els certificats electrònics en dues categories:

• Certificat programari

  Un Certificat electrònic és un document digital que es pot guardar en una memòria USB, en un ordinador (en el magatzem de certificats) o en el disc dur. A aquest Certificat se'l coneix com certificat programari.

• Certificat maquinari

  Un certificat també pot estar emmagatzemat en una targeta criptogràfica, que és una targeta que incorpora un xip electrònic. Un exemple clar d'una targeta criptogràfica és el DNI electrònic. En aquestes targetes és possible emmagatzemar un o diversos certificats electrònics, la qual cosa es coneix com certificat maquinari.

La Llei 11/2007 d'Accés Electrònic dels Ciudadanos als Serveis Públics en el seu capítol II estableix les formes d'identificació i autenticació que poden ser usades per a la identificació de l'Administració i de l'actuació administrativa. Veure Identitat Digital per a obtenir més informació sobre els conceptes d'identificació i autenticació.

D'aquests apartats de la Llei i del seu reglament de desenvolupament, es deriven els següents certificats electrònics.

• Certificat de Seu Electrònica

  El certificat de Seu és un certificat de Servidor que identifica i autentica al servidor com a Seu Electrònica d'una Administració Pública.

  Les seus electròniques, quan sigui necessari, disposaran de sistemes que permeten l'establiment de comunicacions segures. A més, utilitzaran sistemes de signatura basats en certificats de dispositiu segur o mitjà equivalentepara identificar-se i mantenir una comunicació segura.

• Certificat de Segell Electrònic

  Segons la Llei, és el certificat usat per a la identificació i l'autenticació de l'exercici de la competència en l'actuació administrativa automatitzada.

  Això vol dir que el Segell Electrònic és el que ha d'usar-se per a tots els tràmits administratius que es realitzen per mitjans telemàtics, tant per a la identificació dels servidors i la signatura dels documents electrònics, com per a l'establiment de comunicacions segures entre màquines.

• Certificat d'Empleat públic

  Són els certificats que cada Administració Pública pot proveir al seu personal per a la identificació i autenticació de l'exercici de la competència de l'Administració Pública.

  Identifiquen de manera conjunta al titular del lloc de treball o càrrec, i a l'Administració o òrgan en la qual presta els seus serveis.